A недавна студија идентификује la нови коронавирус одговоран за епидемију упале плућа у кинеској провинцији Хубеи— вирус порекла слепих мишева је повезан са другим познатим патогеним коронавирусима
2019 Нови корона вирус (ЦоВ) изазива фаталну упалу плућа која је однела преко 1300 живота, са више од 52000 потврђених случајева инфекције од 13. фебруара 2020, све у распону од нешто више од месец дана. Али, шта је овај вирус? Да ли је то сасвим нови вирус? Одакле је дошло? Научници из врхунских истраживачких института у Кини удружили су се да одговоре на ова питања, а ова пионирска студија објављена је у Кинески медицински часопис.
https://www.youtube.com/watch?v=jFKWluuMdgs
Почетком децембра, неколико људи у граду Вухану у кинеској провинцији Хубеи почело је да се разболи након одласка на локалну пијацу морских плодова. Имали су симптоме као што су кашаљ, грозница и кратак дах, па чак и компликације повезане са синдромом акутног респираторног дистреса (АРДС). Непосредна дијагноза била је упала плућа, али је тачан узрок био необјашњив. Шта је изазвало ову нову епидемију? Да ли је то тешки акутни респираторни синдром (САРС)-ЦоВ? Да ли је то блискоисточни респираторни синдром (МЕРС)-ЦоВ? Како се испоставило, научници су спровели студију за идентификацију овог вируса у децембру након анализе првих неколико случајева. Ова студија је сада објављена у Кинески медицински часопис и идентитет вируса је утврђен — то је потпуно нови вирус, блиско повезан са ЦоВ сличним САРС-у слепих мишева. Др Јианвеи Ванг (Кинеска академија медицинских наука, Институт за биологију патогена), водећи истраживач студије, каже: „Наш лист је утврдио идентитет ЦоВ порекла слепих мишева који је до сада био непознат."
У овој студији, научници из реномираних истраживачких института у Кини, попут Кинеске академије медицинских наука, Института за биологију патогена, Кинеско-јапанске болнице пријатељства и Медицинског колеџа Пекиншке уније, заједнички су открили и идентификовали нови ЦоВ—главни кривац за избијање епидемије у Вухану — секвенцирањем следеће генерације (НГС). Они су се фокусирали на пет пацијената примљених у болницу Јин Јин-тан у Вухану, од којих су већина били радници на пијаци морских плодова Хуанан у Вухану. Ови пацијенти су имали високу температуру, кашаљ и друге симптоме, а првобитно им је дијагностикована упала плућа, али непознатог узрока. Стање неких пацијената се брзо погоршало до АРДС-а; један је чак и умро. Др Ванг каже: „Рендгенски снимци грудног коша пацијената су показали нејасне замућености и консолидације, које су типичне за упалу плућа. Међутим, желели смо да сазнамо шта је изазвало упалу плућа, а наши каснији експерименти су открили тачан узрок—нови ЦоВ који раније није био познат."
За студију, научници су користили узорке течности из бронхоалвеоларне лаваже (БАЛ) узете од пацијената (БАЛ је процедура у којој се стерилна течност преноси у плућа кроз бронхоскоп и затим сакупља за анализу).
Прво, научници су покушали да идентификују вирус секвенцирањем генома, користећи НГС технологију. НГС је пожељна метода скрининга за идентификацију непознатих патогена јер брзо открива и искључује све познате патогене микроорганизме у узорку. На основу секвенцирања ДНК/РНА из узорака течности БАЛ, научници су открили да већина вирусних очитавања припада породици ЦоВ. Научници су затим саставили различита „читања“ која су припадала ЦоВ и конструисали читаву геномску секвенцу за нови вирус; ове секвенце су биле 99.8-99.9% сличне међу узорцима свих пацијената, што потврђује да је овај вирус био уобичајен патоген код свих пацијената. Даље, користећи анализу хомологије, где се секвенца генома упоређује са другим познатим секвенцама генома (са унапред постављеним прагом од 90% да би се сматрала „новом” секвенцом), потврдили су да је секвенца генома овог новог вируса 79.0% слично САРС-ЦоВ, око 51.8% слично МЕРС-ЦоВ и око 87.6–87.7% слично другим ЦоВ сличним САРС-у из кинеских слепих мишева (званих ЗЦ45 и ЗКСЦ21). Филогенетска анализа је показала да су секвенце пет добијених сојева ЦоВ најближе онима сојева добијених од слепих мишева, али су формирале засебне еволуционе гране. Ови налази јасно сугеришу да вирус потиче од слепих мишева. Др Ванг каже: „Пошто су сличности гена вирусне репликазе са свим другим познатим „сличним” вирусима и даље мање од 90%, а узимајући у обзир и резултате филогенетске анализе, сматрамо да је ово заиста нови, раније непознати ЦоВ. Овај нови вирус се привремено зове 2019-ncov."
На крају, научници су прешли на „изолацију“ вируса из узорака БАЛ течности тако што су проверавали да ли узорци течности показују цитопатски ефекат на ћелијске линије у лабораторији. Ћелије изложене узорцима течности посматране су под електронским микроскопом, а научници су пронашли карактеристичне структуре сличне ЦоВ-у. Такође су користили имунофлуоресценцију - технику која користи специфична антитела означена флуоресцентним бојама. За ово су користили серум пацијената који се опорављају (који је садржао антитела), који су реаговали са вирусним честицама унутар ћелија; ово је потврдило да је овај вирус заиста био узрок инфекције.
Ова студија отвара пут будућим студијама да боље разумеју вирус и његове изворе, посебно имајући у виду његово брзо ширење, његову способност да изазове фатални АРДС и панику изазвану епидемијом. Иако су 4 од 5 пацијената код којих је идентификован овај вирус са пијаце морских плодова у Вухану, тачно порекло инфекције није познато. ЦоВ се могао пренети на људе преко „средњег” носача, као што је случај са САРС-ЦоВ (месо палмине цибетке) или МЕРС-ЦоВ (камила). Др Ванг закључује: „Сви ЦоВ код људи су зооноза, а неколико људских ЦоВ потиче од слепих мишева, укључујући САРС- и МЕРС-ЦоВ. Наша студија јасно показује хитну потребу за редовним праћењем преношења ЦоВ-а порекла слепих мишева на људе. Појава овог вируса представља огромну претњу јавном здрављу и стога је од критичне важности разумети извор овог вируса и одлучити о наредним корацима пре него што будемо сведоци ширења епидемије".
